Van biologisch zuivering is sprake indien de kringloop van stoffen (of afvalstoffen) in stand wordt gehouden door biologische processen, waarbij afvalstoffen steeds verder worden afgebroken en zodoende dus worden verwijderd uit het water.
In vijverwater bevinden zich altijd organische afvalstoffen (ammoniak en daardoor weer nitriet). Deze stoffen worden door bacteriën afgebroken tot nitraat. Dit nitraat (plantenvoeding) wordt door planten weer opgenomen als bouwstenen voor de groei. Om voldoende bacteriën hiertoe te kunnen huisvesten maakt men gebruik van oppervlakte-vergrotende materialen. In dit geval bestaat dit uit het lavagrind, of substraat, in het plantengedeelte van de zwemvijver. In dit lavagrind zet men de benodigde vijverplanten. Deze vijverplanten bestaan uit: moerasplanten, waterplanten, waterlelies en zuurstofplanten.
Deze laatste groep planten is voor de biologische afbraak de meest geschikte. Dit doordat deze planten niet alleen veel nitraat (afvalstoffen) opnemen, maar ook nog eens zuurstof aan het water afgeven. Dit zuurstof komt alle biologische processen weer ten goede. In het bijzonder glanzend fonteinkruid (Potamogeton Lucens) is zeer geschikt, daar deze planten ook nog eens een remstof tegen algen aan het water afstaan. Van de toe te passen zuurstofplanten zou het best minimaal tweederde uit glanzend fonteinkruid bestaan.
