Een goed uitgebalanceerd filtersysteem bestaat uit een mechanisch en een biologisch filtergedeelte. Het mechanische filtergedeelte is altijd het eerste gedeelte van het filter, dus waar het water als eerste de filterbak binnen komt. In dit eerste filtergedeelte worden de grove vuildeeltjes eruit gefilterd.
Dit kan door middel van borstels, een raatpakket of liever nog via een zeef. Nadat het water zichtbaar schoner is geworden (na het mechanische filtergedeelte), loopt het hierna (of wordt gepompt) in het biologische filtergedeelte van het systeem. In dit gedeelte van het filtersysteem wordt door middel van onder andere nitrificerende bacteriën de schadelijke stoffen die niet zichtbaar zijn (zoals bijvoorbeeld NO², nitriet) omgezet naar plantenvoeding (NO³, nitraat).
In dit biologische filtergedeelte is het daarvoor aanwezige filtermateriaal zoals bijvoorbeeld Japanse matten, beads of substraat vaak in combinatie met zuurstof (luchtpomp) zeer belangrijk en essentieel voor de werking van het systeem.
Verschillende soorten vijver filters:
